Tôi nghe như vậy, có một thuở nọ trên đuồng du hóa, đức Phật ngồi nghỉ dưới cây Nhạc Âm thuộc thành Quảng Nghiêm. Trong hội bấy giờ ba mươi sáu ngàn vị đại Bồ Tát, tám ngàn tỳ kheo, nhiều vị quốc vương cùng các đại thần. Bát bộ Thiên Long người với quỷ thần, các bà-la-môn, các vị cư sỹ cung kính chí thành thỉnh Phật thuyết pháp.Đại diện pháp hội là đức Bồ Tát Văn thù sư lợi, nương Phật thần lực, chắp tay cung kính, bạch đức Phật rằng: Bạc đức thế tôn, danh hiệu hạnh nguyện, công đức vô biên, trí tuệ rộng lớn của các đức Phật. Để cho nhân loại, nương theo tu hành, khỏi bị nghiệp chướng, lợi ích an vui được sanh công đức trong đời tượng pháp. Đức Phật liền bảo Văn Thù Sư lợi, hãy lắng lòng nghe ta sẽ tuyên thuyết công đức hạnh nguyên của Phật Dược sư. Thế tôn nói rõ đức Phật Dược Sư khi còn hành đạo Bồ Tát cứu đời đã phát mười hai lời nguyện rộng lớn. Nguyện thứ nhất là khi ta chứng được đạo quả bồ đề hào quang sáng rực tỏa từ thân ta soi các hành tinh. khiến cho chúng sinh thấy ánh quang này thân tâm thanh tịnh, siêng tu Lục độ rời biển trần khổ vào chốn Niết Bàn. Nguyện thứ 2 là khi ta chứng được đạo quả Bồ Đề thân ta đẹp đẽ như ngọc lưu ly chiếu khắp mười phương. Các chúng hữu tình ở chốn u minh nương ánh hào quang tâm như nở hoa, trí tuệ sáng ra, hạnh phúc tràn đầy. Nguyện thứ 3 là ta dùng vô số trí tuệ vô sư giúp cho mọi người kiến tin lẫn nhau, được tâm sáng người biết cách tự chủ, nhu cầu đầy đủ, gia quyến sum vầy, an lạc thảnh thơi không còn toan tính những điều thiếu thốn. Nguyện thứ 4 là nếu có người nào lỡ theo đường tà thì ta khiến họ quay về an trụ trong đạo Bồ đề, nếu có người nào tâm hành nhỏ hẹp thiếu lòng vị tha, thì ta giúp họ lập chí nguyện lớn tu hạnh Bồ Tát. Nguyện thứ 5 là nếu có người nào trong giáo pháp Phật tu hành thanh tịnh ta sẽ giúp họ tam tu tịnh giới, nếu ai lỡ phạm mà nghe danh ta thành tâm trị niệm danh hiệu Dược Sư lại được thanh tịnh chẳng sa đường ác. Nguyện thứ 6 là nếu có người nào không đủ các căn thân hình khiếm khuyết, mắt mù tai điếc tay chân tật nguyền, nói năng ngọng lịu chịu nhiều khổ não trì pháp Dược Sư liền được khỏi bệnh thân hình đoan chính, trí huệ sáng suốt. Nguyện thứ 7 là nếu có người nào mang bệnh hiểm nghèo không người cứu chữa không chỗ cậy nhờ, nghèo cùng khốn khổ, khi nghe danh ta trì pháp Dược Sư sẽ chóng lành bệnh khổ não tiêu trừ, thân tâm thanh tịnh, quyến thuộc sum vầy. Nguyện thứ 8 là nếu có hữu tình mang thân phụ nữ chịu nhiều đau khổ muốn thoát khỏi cảnh thân gái đoạn trường, khi nghe danh ta một lòng trì niệm hành pháp Dược Sư thân tâm thanh tịnh được tướng trượng phu gặp nhiều duyên tốt...Nguyện thứ 9 là nếu có hữu tình sa vào lưới ma lạc rừng ta kiến hành theo ngoại đạo chấp mắc buộc ràng ta sẽ trợ duyên, khai tâm điểm trí khiến khỏi đường mê, tràu dồi chánh kiến, học hành Bồ Tát chứng quả Bồ Đề. Nguyện thứ 10 là nếu có người nào do tâm vô minh phạm phải sai lầm nên bị giam cầm hoặc bị hành hình, thập tử nhất sinh chịu nhiều đau khổ khi nghe danh ta hành pháp Dược Sư thì các khổ ấy đều được tiêu trừ...Nguyện thứ mười một nếu có những người vì cơn đói khát tạo nhiều điều ác, khi nghe danh ta hành pháp Dược Sư thì ta khiến họ có đủ vật lực lánh xa điều dữ và dạy Phật pháp khiến cho họ được vô thượng Bồ Đề. Nguyện thứ 12 nếu ai lâm cảnh màn trời chiếu đất, không có áo mặc muỗi mòng cắn đốt, nắng lạnh dãi dầu, khi nghe danh ta hết lòng thọ trì thì ta khiến họ cầu gì được ấy, y phục tốt đẹp của báu dư thừa...

Văn THù sư lợi ở cõi phương Đông cách mười muôn ức có một thế giới trang nghiêm thanh tịnh, của Phật Dược Sư. Trong cõi Phật ấy đất bằng lưu ly thành quách cung điện toàn bằng thất bảo như cảnh Cực Lạc của Phật Di Đà. Lại trong cõi ấy có hai Bồ Tát nhật quang biến chiếu giúp phật Dược Sư truyền bá chánh pháp, cho nên Văn Thù người đủ niềm tin nên phát lòng thành sinh về cõi ấy đời đời an vui không còn thối chuyển. Văn Thù Sư Lợi ở thế giới này lại có nhiều người không biết lành dữ ôm lòng bỏn xẻn thiếu hẳn đức tin không thích bố thí, ngu si vô tri, tham lam ích kỷ cướp đoạt của người thấy người nghèo cùng không hề chia sớt, sau khi qua đời sanh làm ngạ quỷ khổ sở đói khát, nhờ niệm danh hiệu của Phật Dược Sư sanh lại làm người. Nhờ công đức ấy nhớ khổ ngạ quỷ nên hành bố thí giúp người nghèo cùng tăng trưởng niệm căn tu Bồ Tát pháp. Lại nữa Văn Thù trong đời mạt pháp có kẻ phá giới đánh mất niềm tin hủy hoại chánh pháp lười tu kém học, tự cao chấp mắc, đố kỵ ghét ganh tôn thờ ác quỷ, làm bạn với ma những người như thế sẽ bị đọa sa. Nếu nghe danh hiệu của Phật Dược Sư liền khỏi đường mê lịa thói kiêu ngạo tát sông phiền não bờ giác quay về. Xuất gia học đạo mở mang trí tuệ học rộng hiểu nhiều xé lưới vô minh kính thờ Tam Bảo, tu hạnh Bồ- Tát. Lại nữa Văn Thù ai sống trong cảnh bị người thù oán, rước quỷ cầy thần ếm đối hãm hại khổ sở vô cùng. Nếu tụng Dược Sư tiêu tai thần chú thì những tà thuật không thể hại được còn kẻ hung dữ cũng phải hiền lành. Nếu có Phật tử tu theo tịnh độ nhưng chưa quyết tâm, đến khi chung mạng mà nghe danh xưng Đức Phật